Data 페이지는 수행한 계산 작업에 대한 정보 및 계산 작업의 원본 데이터 파일을 제공합니다.
Simulator 모듈의 상태 바에서 Data 페이지로 바로 이동할 수 있습니다. 우측 괄호의 'id' 는 해당 작업의 고유한 값인 job id로, job id를 클릭하여 해당 계산의 원본 데이터를 바로 확인할 수 있습니다.
현재까지 수행한 작업의 총 개수와 점유하고 있는 저장 용량 (storage) 을 나타냅니다. 기본적으로 제공되는 저장 용량은 100 GB로, 저장 공간 플랜을 구입하여 보다 많은 데이터를 클라우드에 저장할 수 있습니다.
Simulation 수행 후 얻어지는 원본 output 파일을 확인할 수 있습니다. 만일 원하는 데이터를 보여주는 Analyzer 모듈이 없다면, 원본 텍스트를 읽어 직접 필요한 데이터를 찾을 수 있습니다.
'Job Data' 에서 job 목록 중 하나를 클릭하면, Parent Work 정보와 해당 작업의 원본 데이터 파일 목록이 표시됩니다. 표시되는 파일에 대한 정보는 다음
결과 파일 목록을 참고하십시오.
검색창에 텍스트를 입력하여 원하는 파일, 혹은 정보만 볼 수 있습니다. 이 검색창은 리눅스의 grep 명령어와 같이 동작합니다. 단, 대소문자에 주의하십시오.
Output 파일 중, job.stdout은 계산의 전반적인 정보를 담고 있는 파일입니다. 따라서, 이 파일을 확인하여 계산 중간에 에너지를 확인하거나 수렴 여부를 판단하고, 계산 예상시간을 추산하는 등 수많은 데이터를 얻을 수 있습니다.
'Find string' 검색창에 '!'를 입력하면 현재까지 계산된 total energy를 읽어들일 수 있습니다.
PWscf 계산에서 한 번의 SCF 알고리즘이 종료되면 그 때의 'total energy' 값이 작성되기 때문에, SCF 계산의 경우 이 데이터는 계산이 종료된 시점 이후에 확인할 수 있습니다.
'Find string' 검색창에 'time'을 입력하면 누적 계산시간이 표시됩니다. 이 정보는 한 iteration이 종료되는 시점에 작성되며, 각 iteration에 걸리는 시간은 거의 비슷하므로 이를 사용하여 총 시간을 추정할 수 있습니다.
시간 간격이 30 초이고 'Max scf steps'가 200, 'Max iteration steps'가 100으로 설정된 경우 최대 소비 시간은 30 * 200 * 100 = 600,000 초로 추정할 수 있습니다. 물론 대부분의 경우 계산은 그보다 빠르게 수렴을 달성합니다.
어떤 구조가 수렴을 빠르게 달성할 수 있는지 여부는 'achieve' 를 검색하여 예상할 수 있습니다. 검색 창에 ‘achieve’혹은 그 일부를 입력하면 각 scf 단계에서 수렴하는 데 진행한 iteration 횟수를 확인할 수 있습니다. 대칭성이 높은 구조의 경우 약 10 회 정도의 iteration 안에 수렴을 달성합니다. 만일 설정한 Max iteration step 안에 수렴을 달성하지 못했을 경우, Max iteration step 값을 높이거나 초기 구조 혹은 계산의 정확도를 변경하십시오.
일반적으로 variable cell relaxation 계산은 계산 자원이 많이 소모됩니다. 계산 중간에 구조 변화가 어떻게 일어나고 있는 지 확인하려면, job.stdout에서 해당 정보를 찾으십시오.
모듈에 'This has been finished normally' 메시지가 표시되더라도 실제로는 작업이 정상적으로 종료되지 않았을 수 있습니다. 따라서 결과 데이터를 확인하기 전 'job.stdout' 의 하단에 다음과 같은 메시지가 있는지 확인하십시오.
해당 오류에 대한 원인은
Troubleshooting
문서를 참고하십시오.
해당 오류에 대한 원인은
Restart
문서를 참고하십시오.
위의 'Crash' 및 'Convergence NOT achieved' 와 같은 메시지가 없는 상태에서 해당 메시지가 표시되어 있다면 작업이 정상적으로 종료된 것입니다.
어떠한 두 파일을 서로 비교하고자 할 때,
버튼을 누른 다음 A와 B에 각각 할당하십시오. Job Data에서 두 개 이상의 작업을 선택하면 서로 다른 계산 작업의 파일도 비교할 수 있습니다.
버튼을 누르면 두 파일에서 차이가 있는 부분이 빨간색으로 표시됩니다.
데이터를 내려받아 다른 프로그램에서 사용할 수 있습니다.
원하는 파일을 선택하고 버튼을 눌러 선택한 파일을 내려받으십시오. 또는, 'Copy ' 버튼을 통해 contents 창의 모든 텍스트를 복사하여 다른 프로그램에 바로 붙여넣을 수 있습니다.
Simulator 모듈의 상태 바에서 Data 페이지로 바로 이동할 수 있습니다. 우측 괄호의 'id' 는 해당 작업의 고유한 값인 job id로, job id를 클릭하여 해당 계산의 원본 데이터를 바로 확인할 수 있습니다.
현재까지 수행한 작업의 총 개수와 점유하고 있는 저장 용량 (storage) 을 나타냅니다. 기본적으로 제공되는 저장 용량은 100 GB로, 저장 공간 플랜을 구입하여 보다 많은 데이터를 클라우드에 저장할 수 있습니다.
Simulation 수행 후 얻어지는 원본 output 파일을 확인할 수 있습니다. 만일 원하는 데이터를 보여주는 Analyzer 모듈이 없다면, 원본 텍스트를 읽어 직접 필요한 데이터를 찾을 수 있습니다.
검색창에 텍스트를 입력하여 원하는 파일, 혹은 정보만 볼 수 있습니다. 이 검색창은 리눅스의 grep 명령어와 같이 동작합니다. 단, 대소문자에 주의하십시오.
| 파일 위치 | 파일명 | 설명 |
|---|---|---|
| input.pw.x | PWscf (pw.x) 계산의 input script입니다. | |
| job.stdout | PWscf (pw.x) 계산의 output 파일입니다. PWscf 계산의 모든 데이터가 포함되어 있습니다. | |
| job.stdout.pp.x | Charge Density (pp.x) 계산의 output 파일입니다. | |
| job.stdout.projwfc.x | DOS (projwfc.x) 계산의 output 파일입니다. | |
| job.stdout.bands.x | Band Structure (bands.x) 계산의 output 파일입니다. | |
| *.UPF | 계산에 사용한 pseudopotential 파일입니다. | |
| output/ | VLAB.xml | job.stdout과 동일한 데이터가 포함된 파일입니다. |
| output/ | VLAB.wfc* | wavefunction 데이터가 담긴 파일입니다. 용량이 매우 크며, 읽을 수 없는 형식으로 되어 있습니다. |
| output/ | VLAB.pdos_tot | DOS 계산 (projwfc.x)을 수행했을 경우 생성되는, total DOS 데이터를 담은 파일입니다. |
| output/VLAB.save/ | charge-density.dat | job.stdout과 동일한 데이터가 포함된 파일입니다. |
| output/VLAB.save/ | data-file-schema.xml | job.stdout과 동일한 데이터가 포함된 파일입니다. |
| output/VLAB.save/ | paw.txt | PAW pseudopotential에 의해 생성되는 파일입니다. |
| output/VLAB.save/ | wfc*.dat | wavefunction 데이터가 담긴 파일입니다. 용량이 매우 크며, 읽을 수 없는 형식으로 되어 있습니다. |
| output/projwfc.x#/ | VLAB.pdos_atm#1(Si)_wfc#1(s) | Projected DOS 데이터가 담긴 파일입니다. 파일명이 이와 같은 경우, 첫 번째 'Si' 원자의 첫 번째 s 오비탈에 해당하는 projected DOS 데이터라는 의미입니다. 자세한 내용은 #8 얻기 쉽지만, 수많은 정보를 담고 있는 Density of State (3)를 참고하십시오. |
| output/projwfc.x#/ | input.projwfc.x# | Quantum Espresso 모듈의 #번째 DOS 탭에서 수행한 projwfc.x 계산의 input script입니다. |
| output/projwfc.x#/ | pdos.out.lowdin | Lowdin charge 데이터입니다. |
| output/projwfc.x#/ | pdos.out.projwfc_up / pdos.out.projwfc_down | 각 오비탈, 밴드 index에 따른 DOS 값을 확인할 수 있습니다. Spin polarized 계산을 수행한 경우, spin up/down 파일이 따로 생성됩니다. |
| vlab/trajectory/ | *.dat | 여러 scf step으로 이루어진 계산이나 molecular dynamics 계산을 수행할 경우, 원자의 움직임을 trajectory로 저장합니다. |
| vlab/trajectory/ | msd | msd 데이터가 쓰여져 있는 파일입니다. |
| pp.x/ | input.pp.x | Charge Density (pp.x) 계산의 input script입니다. |
| pp.x/ | ppoutput.* | Charge Density (pp.x) 계산의 output 파일입니다. |
| pp.x/ | *.cube | Charge Density (pp.x) 계산에서 선택한 plot number에 해당하는 결과 파일입니다. |
| pp.x/ | ACF.dat | 원자 번호 (순서), 각 원자의 좌표, Bader partitioning에 의해 계산된 전하, Bader partitionaing에 따른 전체 퍼센티지, 표면까지의 최소 거리 정보를 포함합니다. |
| pp.x/ | AVF.dat | 각 원자에 할당된 volume의 개수를 나타냅니다. |
| pp.x/ | BCF.dat | 최대 Bader charge 값을 갖는 지점의 좌표, 해당 지점에서의 전하 값, 원자 번호 (순서), 가장 가까운 원자까지의 거리 정보를 포함합니다. |
| pp.x/ | avg.dat | Macroscopic average 계산의 결과 파일입니다. 1, 2, 3은 각각 x, y, z축에 대한 계산 결과입니다. |
| pp.x/ | input.pp.x.avg.in | Macroscopic average 계산을 위한 input 파일입니다. |
| pp.x/ | ppoutput.bader.* | 해당 Charge Density를 이용해 계산한 Bader charge 계산의 output 파일입니다. |
| bands.x/ | input.bands.x | Band Structure (bands.x) 계산의 input script입니다. |
| bands.x/ | bandsx | 각 band에 대한 정보가 담긴 파일입니다. |
| bands.x/ | bandsx.gnu | Band structure 그래프를 그리기 위한 gnu 파일입니다. |
Output 파일 중, job.stdout은 계산의 전반적인 정보를 담고 있는 파일입니다. 따라서, 이 파일을 확인하여 계산 중간에 에너지를 확인하거나 수렴 여부를 판단하고, 계산 예상시간을 추산하는 등 수많은 데이터를 얻을 수 있습니다.
PWscf 계산에서 한 번의 SCF 알고리즘이 종료되면 그 때의 'total energy' 값이 작성되기 때문에, SCF 계산의 경우 이 데이터는 계산이 종료된 시점 이후에 확인할 수 있습니다.
'Find string' 검색창에 'time'을 입력하면 누적 계산시간이 표시됩니다. 이 정보는 한 iteration이 종료되는 시점에 작성되며, 각 iteration에 걸리는 시간은 거의 비슷하므로 이를 사용하여 총 시간을 추정할 수 있습니다.
시간 간격이 30 초이고 'Max scf steps'가 200, 'Max iteration steps'가 100으로 설정된 경우 최대 소비 시간은 30 * 200 * 100 = 600,000 초로 추정할 수 있습니다. 물론 대부분의 경우 계산은 그보다 빠르게 수렴을 달성합니다.
어떤 구조가 수렴을 빠르게 달성할 수 있는지 여부는 'achieve' 를 검색하여 예상할 수 있습니다. 검색 창에 ‘achieve’혹은 그 일부를 입력하면 각 scf 단계에서 수렴하는 데 진행한 iteration 횟수를 확인할 수 있습니다. 대칭성이 높은 구조의 경우 약 10 회 정도의 iteration 안에 수렴을 달성합니다. 만일 설정한 Max iteration step 안에 수렴을 달성하지 못했을 경우, Max iteration step 값을 높이거나 초기 구조 혹은 계산의 정확도를 변경하십시오.
- 인터넷 브라우저 검색창 (ex. Ctrl+F)에서 ‘ATOMIC_’ 텍스트를 검색하십시오
- Cell parameter 정보와 Atomic position 정보를 각각 복사하십시오
- Structure builder의 'EDIT' 메뉴를 열고 job.stdout에서 복사한 정보를 붙여 넣으십시오
모듈에 'This has been finished normally' 메시지가 표시되더라도 실제로는 작업이 정상적으로 종료되지 않았을 수 있습니다. 따라서 결과 데이터를 확인하기 전 'job.stdout' 의 하단에 다음과 같은 메시지가 있는지 확인하십시오.
| 템플릿 | 파일명 | 설명 |
|---|---|---|
| 공통 | job.stdout | LAMMPS 계산의 output 파일입니다. LAMMPS 계산의 모든 데이터가 포함되어 있습니다. |
| 공통 | log.lammps | LAMMPS 계산의 output 파일입니다. LAMMPS 계산의 모든 데이터가 포함되어 있습니다. |
| 공통 | input.lammps | LAMMPS 계산의 input script입니다. |
| 공통 | structure.matsq.lammps | LAMMPS 계산의 초기 구조입니다. |
| 공통 | #.dat | LAMMPS 계산 후 얻어진 trajectory입니다. Trajectory를 이 형식으로 저장하지 않을 경우 'Movie' 모듈이 동작하지 않습니다. |
| 계산 종류 | 파일 위치 | 파일명 | 설명 |
|---|---|---|---|
| 공통 | EXTBAS | LANL2DZ, def2svp 등의 custom basis set (external basis set)을 사용했을 때 생성되는 basis set 파일입니다. | |
| 공통 | gamess.x.dat | 오비탈 정보와 에너지, 진동 모드 정보가 포함된 파일입니다. | |
| 공통 | gamess.x.inp | GAMESS Input file입니다. 구조 정보 및 설정한 input parameter가 담겨 있습니다. | |
| 공통 | job.stdout | GAMESS Output file입니다. 에너지 데이터를 포함하여, 대부분의 계산 정보가 담겨 있습니다. | |
| 공통 | pythonlog | 데이터 파싱 (parsing) 용 파일입니다. | |
| 공통 | vlab/ | dos | DOS Spectrum 및 MO Eigenvalues 데이터입니다. |
| 공통 | vlab/ | energy | 데이터 파싱 (parsing) 용 파일입니다. |
| 공통 | vlab/ | jsondata | 데이터 파싱 (parsing) 용 파일입니다. |
| 공통 | vlab/ | metadata | 데이터 파싱 (parsing) 용 파일입니다. |
| 공통 | vlab/ | moenergies | 데이터 파싱 (parsing) 용 파일입니다. |
| 공통 | vlab/ | order | 데이터 파싱 (parsing) 용 파일입니다. |
| 공통 | vlab/ | status | 데이터 파싱 (parsing) 용 파일입니다. |
| 공통 | vlab/ | thermo | 데이터 파싱 (parsing) 용 파일입니다. |
| 공통 | vlab/ | valence | 데이터 파싱 (parsing) 용 파일입니다. |
| 공통 | vlab/trajectory | #.xyz | 구조 최적화 중 생성된 trajectory 파일입니다. |
| NEB | gamess.x.trj | NEB 계산 결과로 생성되는 trajectory 파일입니다. | |
| NEB | vlab/ | neb_data.json | 데이터 파싱 (parsing) 용 파일입니다. |
| Hessian | gamess.x.rst | Energy/Gradient/Dipole restart 용 데이터입니다. Hessian 계산 시 생성됩니다. | |
| BDE | vlab/ | bde_data.json | 데이터 파싱 (parsing) 용 파일입니다. |
버튼을 누른 다음 A와 B에 각각 할당하십시오. Job Data에서 두 개 이상의 작업을 선택하면 서로 다른 계산 작업의 파일도 비교할 수 있습니다.버튼을 누르면 두 파일에서 차이가 있는 부분이 빨간색으로 표시됩니다.